На основе государственно-частного партнерства центр создает Единую национальную систему цифровой маркировки и прослеживания товаров - Честный ЗНАК. Она позволит сделать товарный рынок страны транспарентным и создать полноценную систему гарантии подлинности товаров. Для реализации проекта была создана дочерняя компания Оператор-ЦРПТ.

Центр обладает исключительными технологическими компетенциями и экспертными возможностями для обеспечения полного цикла маркировки и прослеживания, локализации производства оборудования, вывода на рынок инновационных технологических решений.

ЦРПТ создает национальный каталог товаров — важную составляющую единой системы цифровой маркировки и прослеживания товаров и занимается локализацией производства оборудования для маркировки. Компания ТрекМарк, находящаяся под операционным управлением ЦРПТ, представляет комплексные решения для системы маркировки и локализует производство необходимого для российского рынка оборудования.

Помимо этого, ЦРПТ занимается разработкой цифровой платформы для беспрепятственного движения товаров через границы стран Евразийского союза. Соглашение гармонизирует порядок обмена информацией между странами и применяемые средства маркировки, что позволит объединить создаваемые или уже запущенные в странах системы и даст возможность увидеть движение товара с момента ввода в оборот до момента продажи.

В ноябре 2018 в ЦРПТ успешно и без сбоев перешла система маркировки лекарств, 1 июня 2019 года информационная система маркировки меховых изделий, также перейдет в единую систему Центра. С 1 марта 2019 года Распоряжением Правительства РФ № 791-р от 28 апреля 2018 года утвержден перечень первых 10 товарных групп, которые с 2019 года подлежат обязательной маркировке. Срок введения маркировки табачной продукции - 1 марта 2019 года, обуви и лекарств по программе высокозатратных нозологий — 1 июля 2019 года, для остальных групп товаров — 1 декабря 2019 года, для всех лекарств – 1 января 2020 года.